Neste momento ainda está em curso a recuperação dos retábulos das capelas de S. Brás e Nossa Senhora da Consolação, elementos que se encontravam em muito mau estado de conservação ao nível da madeira, da arte azulejar e da pintura mural pelo que se tornou necessária uma intervenção por parte de técnicos de conservação e restauro. A terceira fase desta intervenção diz respeito à recuperação estrutural do edifício, nomeadamente ao nível da sua cobertura, fachadas e torre, encontrando-se em fase de projeto, de modo a resolver algumas anomalias existentes em termos construtivos, funcionais e, sobretudo, de segurança.
Esta obra enquadra-se numa intervenção alargada que a Câmara Municipal de Loulé tem vindo a realizar em toda a Zona Histórica de Loulé e que terá aqui o ponto mais importante dada a centralidade e relevância patrimonial desta Igreja, classificada como Monumento de Interesse Nacional.