O Algarve registou progresso no Índice Regional da Inovação da União Europeia, referente ao ano de 2025, passando de «inovador emergente» para «região inovadora moderada», ou seja, integrando doravante o grupo de regiões europeias que apresentam um índice de inovação entre 70 e 100 por cento da média da UE, de acordo com o mais recente relatório da Comissão Europeia. Este índice é coordenado e revisto de dois em dois anos pela Direção-Geral da Investigação e Inovação da Comissão Europeia e é composto por 23 indicadores.

Na mobilização de fundos europeus geridos através do Programa Regional ALGARVE 2030, a competitividade do ecossistema de inovação é justamente um dos propósitos da política de coesão. Neste relatório da Comissão Europeia (CE), com os resultados dos últimos dois anos, a região algarvia encontra-se assim mais bem posicionada no ecossistema de inovação, com destaque para a formação ao longo da vida, as despesas em inovação não diretamente ligadas à I&D e a penetração digital no território. Num período temporal mais longo, verificou-se ainda uma melhoria significativa do indicador referente à venda de produtos inovadores para o mercado e/ou para a própria empresa. 

No reverso da medalha, o Algarve obtém resultados negativos no que concerne a PME que introduzam inovação de produto e, em geral, na proteção da propriedade intelectual a nível europeu, seja em patentes, marcas ou desenho industrial. Contudo, o relatório destaca a inovação de processo nas PME como sinal positivo e em crescimento no investimento das microempresas e das PME, bem como o aumento de recursos humanos especializados em TIC e o emprego em empresas tecnológicas e inovadoras.

No que respeita à produção científica, o índice regional de inovação também integra indicadores da publicação de artigos e obras de teor científico a nível internacional, vetor em que a região está bem posicionada. Este facto é igualmente destacado na recente análise «Produção Científica Portuguesa 2014-2023 – Ensino Superior Público Universitário», da Direção-Geral de Estatísticas da Educação e Ciência (DGEEC), na qual se assinala que a Universidade do Algarve (UAlg) é a que tem a maior percentagem de publicações em coautoria com instituições estrangeiras, do total publicado entre 2019-2023, na ordem dos 67,7 por cento. Em termos do impacto das publicações, analisado pela percentagem de publicações entre as 10 por cento mais citadas a nível mundial, a UAlg segue em 2.º lugar entre as universidades públicas nacionais, com um índice de 12,9 por cento. Por tópicos de citação, as publicações de Biologia Marinha da UAlg são mesmo das mais citadas no período entre 2014 e 2023.